Small RNA通过多种多样的作用途径，包括mRNA降解、翻译抑制、异染色质形成以及DNA去除，来调控生物体的生长发育和疾病发生。 Solexa的small RNA测序平台可对任何物种的small RNA序列进行测定，不需要基于前体序列信息或是二级结构信息的探针，可检测到全基因组范围，不论其大小、已知或未知的所有small RNA。该技术为small RNA的研究提供了全新的方案。

microRNA数据分析：

基本数据分析

数据产出统计：对测序结果进行图像识别（Basecalling），去除污染及接头序

列；统计结果包括：测定的序列（Reads）长度、Reads数量、数据产量。

高级数据分析

（1）microRNA长度分布统计以验证实验可靠性；

（2）microRNA碱基使用偏好性鉴定以检验数据质量；

（3）将测序得到的序列与miRBase14.0，已知rRNA、tRNA、重复区、RefSeq

数据库比对，对已知microRNA进行注释；

（4）将测序得到的序列与该物种全基因组序列进行比对分析，通过折叠模型

预测新的microRNA；

（5）不同组织microRNA表达谱分析；

（6）两个样本microRNA差异表达分析；

（7）microRNA表达模式聚类分析；

（8）microRNA作用靶基因预测。

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