转录组测序可以得到特定条件下所有mRNA转录本的丰度信息，帮助研究人员获得研究对象基因组转录区域信息，辅助研究人员在全基因组范围内，鉴定转录发生位点，转录边界，可变剪切等。

转录组测序可以得到特定条件下所有mRNA转录本的丰度信息，从而发现新的转录本和可变剪接体。高通量的测序技术，可以帮助研究人员获得研究对象基因组转录区域信息，辅助研究人员在全基因组范围内，鉴定转录发生位点，转录边界，可变剪切等。其精确的计数方法更可对基因进行精确的定量分析。该技术可以检测单个碱基差异，基因家族中相似基因以及可变剪切造成的不同转录本的表达。可对任何物种的全基因组进行分析：不需了解物种基因信息，能够对所有物种的转录组进行测序。该技术可应用于非编码区域功能研究，如Noncoding RNA研究、 microRNA前体研究等；转录本结构研究，如UTR鉴定、Intron边界鉴定、可变剪切研究、Start codon鉴定等；基因转录水平研究；全新转录区域研究。目前已被广泛的应用于功能基因组、癌症与其它复杂疾病、农业资源和微生物学等研究领域。

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