(生信教学课堂第二讲)OmicsBean VS GEO2R 比较不同的软件重新计算GEO差异基因

在上一期的《生信教学课堂第一讲(手把手教你如何查找和下载GEO表达数据)》 文章中主要讲了获取与自己研究相关的GEO数据的方法,这一期我们主要讲如何用在线软件GEO2ROmicsBean进行GEO数据差异基因的重新计算。

一.使用在线软件GEO2R分析差异基因

1.进入GEO2R计算平台

通过GEO主页检索上一期课堂中找到的和移植手术相关的GEO ID GSE4386,见图1,可直接进入GEO数据的信息页面,见图2,页面上有GEO2R软件按钮“Analyze with GEO2R,点击可以进入GEO2R 计算平台。


1 检索GSE4386数据集

2 进入GEO2R 计算平台

2.设计GEO样本分组

通过分析平台上样本的描述对样本进行分组,这里GSE4386数据集中样本共分为两个组,BeforeSurgery(手术前)和AfterSurgery(手术后),见图3。设置好分组后就可以设置计算参数。


3 GEO数据样本进行分组设置

3.设置参数进行差异计算

GEO2R 可设置参数比较少,主要是Pvalue的校对方法,是否进行log转换,注释平台。这些参数一般都选择默认,如果需要修改pvalue cutoff, Foldchange阈值则需要修改Rscript 程序,这操作起来就比较复杂了,见图4。设置参数后可以点击图5Save all results获取差异计算的全部结果,也可以点击Top250 获取差异计算的前250个结果。图6为分析结果。


4 设置参数


5 点击进行计算



6 分析结果

分析结果中第一列为探针ID,第二列为adj.P.Val,第三列为P.Value,第六列为logFC,第七列为gene symbol


二.使用OmicsBean计算差异基因


1.下载GEO SOFT文件用于转换矩阵

按图1所示点击下载SOFT压缩文件用于矩阵转换,SOFT文件中包含样本的表达谱数据和探针的注释信息。

7 下载GEO SOFT文件

2.SOFT文件进行格式转换

将下载好的GEO SOFT文件通过OmicsBean(www.omicsbean.cn)平台GEO2matrix APP进行格式转换,操作步骤见图8.计算完成后见图9点击show result 下载结果文件。文件见图11是带有探针的表达数据。


8 GEO SOFT文件格式转换

9 计算完成


10 下载计算结果


11 转换后的带探针ID的表达数据


3.探针表达矩阵进行基因名字注释

将转换好的探针矩阵文件使用omicsbean GEOFormat App进行基因名字注释,见图11,选择用来注释探针的那一列,这里选Gene Symbol。运行成功后点击show result 进入结果文件下载页面,可下载到图12的基因表达矩阵。

11 GEOFormat 进行基因名字注释


12 基因表达矩阵


3.构建表达分组文件进行差异计算

根据前面GEO样本信息对样本进行分组设置,制作出样本的分组文件。将上一步得到的表达文件和制作好的分组文件通过omicsbeanlimma App进行差异分析,可以设置参数Foldchange Pvalue。计算结果会得到火山图和差异基因列表。

13 样本分组文件


14 Limma App计算差异基因

 15 设置比较分组

 16 分析完成


 17 计算出的火山图

三.软件比较

通过使用两个不同软件进行GEO数据重新计算差异基因,发现两个软件的一些区别,omicsbean GEO2R 使用同样的包进行分析,结果差异很小,但从可用性上看omicsbean 思路比较清楚,可操作,可扩展。


软件

GEO2R

OmicsBean

结果准确性

使用包相同结果差异很小

使用包相同结果差异很小

可操作性

修改参数较难

可以根据结果调整参数

扩展性

获取不到原始表达矩阵

可以得到原始矩阵进行其他分析

图表

没有图

有火山图和差异基因表


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